Les ancêtres des Jeux Paralympiques sont les Stoke Mandeville Wheelchair Games (Jeux en fauteuil roulant), créés en 1948 par Sir Ludwig Guttmann pour les vétérans blessés au cours de la Seconde Guerre mondiale. Quatre années plus tard, des concurrents venus des Pays-Bas y ont participé, posant ainsi les jalons d’un mouvement international.
Ce n’est qu’en 1960, à Rome, que se sont déroulés pour la première fois des Jeux pour sportifs handicapés dans le style olympique. En 1976 à Toronto, les Jeux se sont ouverts à d’autres catégories de handicap et l’idée est venue de regrouper toutes ces catégories afin d’organiser un événement sportif international unique. La même année ont également eu lieu les premiers Jeux Paralympiques d’hiver, en Suède. Autrefois, on parlait des « Jeux mondiaux pour paralysés », de l’« Olympiade pour handicapés » ou encore des « Jeux mondiaux des handicapés physiques ». La compétition porte officiellement le nom de « Jeux Paralympiques » depuis l’édition de 1988 à Séoul.
À l’origine, le mot « paralympique » résulte de la combinaison des adjectifs « paraplégique » et « olympique ». Plus tard, la notion a été redéfinie pour mieux refléter la participation de personnes souffrant d’autres types de handicap. On considère désormais que le mot « paralympique » provient des mots grecs « para » (à côté de) et « olympique », ces Jeux étant indissociables des Jeux Olympiques.
Les Jeux Paralympiques ont toujours lieu la même année que les Jeux Olympiques. Depuis les Jeux d’été de 1988 à Séoul et les Jeux d’hiver de 1992 à Albertville, ils sont en outre disputés sur les mêmes sites de compétition. Un accord conclu le 19 juin 1991 entre le Comité International Olympique (CIO) et le Comité International Paralympique (IPC) a entériné cette pratique pour toutes les éditions des Jeux à partir des Jeux Paralympiques d’été de 1992. En 2001, les deux comités ont signé une convention complémentaire permettant d’utiliser les synergies de façon judicieuse à tous les niveaux, et plus particulièrement dans le domaine de la technique sportive. En 2006 à Turin, les dépenses liées à l’hébergement, à la nourriture et au transport sur place ont pour la première fois été prises en charge par l’organisateur. À partir de 2008 s’est ajouté un remboursement partiel des frais de déplacement. Dès lors, les Jeux Paralympiques étaient sur un pied d’égalité avec les Jeux Olympiques. Depuis le dépôt de candidature pour les Jeux Olympiques de 2012, le dossier des villes candidates doit détailler l’organisation des Jeux Paralympiques, lesquels sont alors coordonnés par le même comité d’organisation local que les Jeux Olympiques. Aux termes de la convention précitée, les Jeux Paralympiques commencent toujours trois semaines au plus tard après la fin de ces derniers.
